Los conflictos de la época entre unitarios y federales lo llevaron a trasladarse a Paraná y a incorporarse, junto a su hermano José Rafael, al ejército de la Confederación. Luchó en la batalla de Cepeda (1859) y en la de Pavón (1861). Y en 1864, bajo el rango de Capitán, combatió en Paysandú.

Una vez abandonada la vida militar, Rafael Hernández se dedicó al mundo de las letras y se volcó al periodismo. En esos tiempos publicó numerosos artículos y fundó varios periódicos.  Dichos esfuerzos, desembocaron en el comienzo de su carrera política. El 3 de mayo de 1875 fue elegido Diputado Nacional, cargo que ocupó hasta 1877. El 30 de abril de 1887 se incorporó al Senado de la Provincia.

En 1870, se casó en Buenos Aires con Anselma Serrantes Pita con quien tuvo siete hijos: Carmen, Magdalena, Sarah Anselma, Pastora, Inés, Celia y Ricardo. Diez años después se trasladó, junto con su familia, al pueblo de Belgrano. Entre 1880 y 1883, fue intendente del lugar destacándose por sus obras de salubridad, pavimentación, plantación de bosques y palmeras, la fundación de un Museo de Ciencias Naturales, reformas policiales, la creación de un nuevo hospital, además de apoyar la instalación de teléfonos, la primera red de desagües y la mensura del municipio.

Fue nombrado vocal del Departamento de Ingenieros de la provincia y encargado de la sección Catastro y Geodesia. Durante su cargo impulsó valiosos proyectos y realizó varias mensuras en distintos partidos, como la del pueblo San Carlos de Bolívar, en el año 1878, y la localidad cabecera de Coronel Suárez, en 1887.

En 1888, adquiere tierras en el partido de Pehuajó a las que denomina “Nueva Plata”. Fue autor de numerosos proyectos industriales. El centro agrícola “Nueva Plata” fue uno de los pocos que alcanzaron a prosperar en la provincia de Buenos Aires. Allí pergeñó la idea de la fabricación de arpilleras con elementos textiles autóctonos para cosechar trigo, lo que le valió medalla de oro en el Congreso Industrial Argentino, en 1900.

Su carrera política lo llevó a estar al lado del gobernador de la provincia de Buenos Aires, Dr Dardo Rocha, en la fundación de La Plata y apoyó a su hermano José, en la sugerencia del nombre para la nueva capital provincial. Asimismo, integró la “Comisión Popular Progreso de la Ciudad y Puerto de La Plata”.

Desde su función legislativa dio fuerza a su proyecto universitario, solicitó subsidios para las bibliotecas públicas y por su iniciativa, en 1889, se declaró obligatoria en todas las escuelas provinciales la enseñanza del Himno Nacional. En 1891, terminó su primera Senaduría y fue reelecto hasta 1893.

Muchos son los logros dignos de destacar en la carrera de Rafael Hernández. En el ámbito del #CNLP y de nuestra UniversIdad, siempre será recordado por ser el gran impulsor del proyecto de creación de la Universidad de La Plata, que comenzó a funcionar en 1897 con cuatro facultades originarias: Derecho y Ciencias Jurídicas, Ciencias Médicas, Ciencias Físico-Matemáticas y Química y Farmacia, que tiempo después se sumaron para enriquecer el patrimonio de la Universidad Nacional.

Rafael Hernández murió el 21 de marzo de 1903, a los 62 años, en su casa de la calle Charcas.

Proyecto de creación de la Universidad de La Plata.

Artículo 1º: Erígese una Universidad de estudios superiores en la capital de la provincia, la cual se compondrá de un rector, un consejo superior, una facultad de derecho y ciencias sociales, una de ciencias físico-matemáticas, una de química y farmacia y las que en adelante se crearen. Tendrá además una asamblea universitaria formada por los miembros titulares de todas las facultades.

Artículo 2º: La Universidad de La Plata dictará sus estatutos y establecerá un plan de estudios subordinándose en todo a las prescripciones establecidas por la ley nacional de 3 de Julio de 1885 para las universidades de Buenos Aires y Córdoba y todo lo dispuesto en el artículo 207 de la Constitución de la Provincia.

Artículo 3º: Hasta tanto que la Universidad tenga su local propio, el P.E. dispondrá su instalación provisional en cualquiera de los edificios públicos existentes a fin de que pueda funcionar cuando menos a principios del período de 1980.

Artículo 4º: Destínase hasta la suma de 50.000 pesos m/n. para atender los gastos de instalación, mobiliario y plantel de las bibliotecas y gabinetes de más inmediata necesidad.

Artículo 5º: de los terrenos reservados dentro del ejido de esta Capital se destinan 8 lotes en el lugar más conveniente a juicio del P.E. para un edificio adecuado a este objeto, y a más dos lotes de quinta y dos chacras con cuyo producto se dará principio a su construcción, agregándose las donaciones particulares y demás recursos que puedan obtenerse.

Artículo 6º: Autorizase al P.E. para promover ante los poderes nacionales las gestiones correspondientes a fin de que sean reconocidos en la Nación los diplomas universitarios y certificados expedidos por las respectivas facultades, así como ampararla a todos los beneficios que establece el inciso 16, Art. 67 de la Constitución Nacional.

Artículo 7º: El P.E. nombrará los siguientes profesores titulares, estableciendo y designando las respectivas cátedras:

• Facultad de Derecho y Ciencias Sociales: 5 profesores.
• Facultad de Ciencias Médicas, 5 ídem.
• Facultad de Ciencias Físico- Matemáticas, 4 ídem.
• Facultad de Química y Farmacia, 3 ídem.

Nombrará también un secretario con título universitario.

Artículo 8º: Estos profesores constituirán la primera asamblea universitaria para la elección de rector, con arreglo al artículo 1º inciso 1º de la ley nacional de 3 de Julio de 1885, y se constituirá provisionalmente el consejo Superior y las Facultades según los estatutos de la Universidad de Buenos Aires, hasta tanto presente los suyos y sean aprobados por el P.E. de la provincia, lo que deberá hacerse dentro de los seis meses de su instalación.

Artículo 9º: Las erogaciones que origine el ejercicio de esta ley, así como los sueldos de los profesores mientras no sean incorporados al presupuesto general, serán tomados de rentas generales imputándose a la presente.